Non si hanno notizie precise sull’origine geologico della collina di San Colombano.
Secondo alcuni studi, visto il suo sviluppo longitudinale compreso fra l’alveo del fiume Lambro ed il corso del fiume Po, sembra essere il residuo di un rilievo assai più esteso, eroso lungo i suoi due lati di maggior sviluppo dai corsi d’acqua che lo lambiscono.
Altri studi partono dal ritrovamento di conchiglie marine sul colle; il Prof. Taramelli dell’Università di Pavia (1877), sostiene che è frutto di un movimento tellurico, che l’avrebbe fatta emergere dal mare nell’epoca miocenica (5-20 milioni di anni fa), un’altra ipotesi, del Prof. Stoppani (1857), è che sarebbe emersa in un epoca successiva (2-5 milioni di anni fa) per la natura corallifera dei ritrovamenti, coralli e conchiglie, che ancora oggi vengono alla luce in uno stato di perfetta conservazione durante le lavorazioni agricole del terreno, i cui più importanti esemplari sono conservati nel Museo Paleontologico e Archeologico “Virginio Caccia” situato nel Palazzo Comunale di San Colombano al Lambro.